לאחר בנייה והפעלה, לתחזוקה ותחזוקה של ממגורות תבואה פלדה יש חשיבות עליונה, שכן הן משפיעות ישירות על בטיחות אחסון התבואה ועל חיי השירות של הממגורה עצמה. השלב הראשון כולל בדיקות שגרתיות: יש לערוך בדיקות חזותיות תקופתיות על המבנה הכולל של הממגורה, ריתוכים, חיבורי אוגן, אטימות ברגים, כמו גם לוח הבסיס והגג. יש לחזק או לתקן מיד ברגים או סדקים רופפים בריתכות. יתר על כן, יש לנקות מיידית אזורים על פני השטח של הממגורה שבהם צבע או ציפוי נגד-קורוזיה התקלפו או החלידו כדי להסיר חלודה ולציפוי מחדש בצבע נגד-קורוזיה כדי למנוע קורוזיה נוספת של לוחות הפלדה. גם מערכות אוורור, צינורות פריקה וציוד שינוע דורשים בדיקה שוטפת כדי להבטיח פעולה חלקה, נקייה מחסימות או רעידות חריגות.
תחזוקה וניקיון שוטפים חיוניים. יש לנקות מעת לעת את פנים הממגורה כדי להסיר אבק ושאריות גרגרים-בהתאם למחזור אחסון התבואה-כדי למנוע צמיחת עובש ונגיעות מזיקים. במקביל, יש לבדוק את מערכות האוורור והסרת הלחות כדי לוודא שהתבואה המאוחסנת נשארת יבשה ומאווררת היטב לאורך כל תקופת האחסון. במהלך החורף, יש לשים לב במיוחד להצטברות מים ולהיווצרות קרח בבסיס הממגורה ומסביב לפתחי אוורור; יש לבצע ניקוז מיידית כדי למנוע קורוזיה של לוחות הפלדה או נזק מבני. בנוסף, יש לבצע הערכת בטיחות מבנית מקיפה-המכסה את עובי לוחית הפלדה, איכות הריתוך ויכולת נשיאת העומס- של רכיבים תומכים- מדי כמה שנים, עם אמצעי חיזוק או החלפה לפי הצורך. באמצעות תחזוקה שוטפת מדעית ובדיקות תקופתיות, ניתן להאריך את חיי השירות של ממגורות פלדה, ובכך לשמור על אבטחת אחסון התבואה.
